研究支持核B

环保分子分析的核心

We will support projects 4, 5 & 6 by providing methodology development and microbial informatics services. 

我们会:

  1. 完善高通量基因靶向宏基因组学分析方法。因为复杂的微生物群落宏基因组鸟枪分析仍然是困难和昂贵的,我们将扩大我们的功能基因管道(fungene)支持感兴趣的项目提供额外的功能基因。同时,我们将开发改进的软件工具来有效地处理新的测序技术,现在在地平线上,如pacbio和离子洪流的输出越高。
  2. 支持生物降解菌株和微生物群落的转录组测序分析。对于RNA-seq的数据进行分析的最佳实践仍在发展,和RNA-seq的微生物群落,元transcriptiomics,应用甚至是欠发达。我们将支持使用现有的工具和新的工具,我们将开发一个结合两种类型的分析。
  3. 支持宏基因组分析和制定有针对性的宏基因组分析方法。通过简化复杂的微生物群落,无论是通过文化丰富,有针对性的基因富集,或粘粒选择程序,宏基因组学的成本和复杂度可以大大降低。我们将收集可用的工具和新方法相结合,并运用这些分析从生物降解富集培养和小鼠肠道富集基因和目的生物开发的宏基因组。
  4. 开发的功能基因和宏基因组富集metatranscriptome方法。我们将开发的方法来同时预富集细菌的宏基因组DNA用于生物降解和作为大规模并行biotinolyated RNA寡核苷酸“诱饵”和捕获”技术通过gnirke等开创了一种新的应用毒素响应大量的潜在重要性的基因。

我们将扩大我们的fungene数据库开发了大量的目的基因的探针序列。对于高度多样化的基因,如芳基双加氧酶的基因,我们将与通过基因靶向测序获得的序列补充这一点。我们将首先验证对DNA靶标片段的长度和同一性百分比的方法诱饵序列。那么我们将评估定量分析metatranscriptome的方法。